Pesantren modern tidak lagi hanya berfokus pada kajian Kitab Kuning dan madrasah, tetapi juga telah berkembang menjadi pusat kegiatan ekonomi yang signifikan. Konsep Ekonomi Pesantren berpusat pada model bisnis koperasi dan Usaha Mikro, Kecil, dan Menengah (UMKM) yang dijalankan secara mandiri, seringkali melibatkan santri dan alumni. Filosofi di balik pengembangan Ekonomi Pesantren adalah pelatihan kemandirian hidup (life skill) dan tanggung jawab finansial, memastikan bahwa santri lulus dengan bekal kewirausahaan yang praktis, bukan hanya teori. Keberhasilan model ini membuktikan bahwa institusi pendidikan agama dapat menjadi motor penggerak ekonomi lokal.

Pilar utama dari Ekonomi Pesantren adalah Koperasi Pondok Pesantren (Kopontren). Kopontren bertindak sebagai pusat layanan, menyediakan kebutuhan dasar santri (alat tulis, makanan ringan, kebutuhan sehari-hari) dengan harga terjangkau. Selain itu, Kopontren seringkali mengembangkan unit usaha lain, seperti warung makan, percetakan, hingga pertanian dan perikanan. Keunikan dari model koperasi ini adalah seluruh keuntungan yang dihasilkan dikembalikan kepada pengembangan fasilitas pesantren dan kesejahteraan santri, menciptakan lingkaran ekonomi yang berkelanjutan. Manajemen Kopontren seringkali melibatkan santri senior, yang dengan demikian belajar akuntansi, manajemen persediaan, dan leadership di dunia nyata.

Selain koperasi, pengembangan UMKM spesifik berbasis potensi lokal juga menjadi fokus. Banyak pesantren memanfaatkan lahan kosong untuk pertanian organik atau perikanan air tawar. Produk yang dihasilkan, seperti sayuran, beras, atau ikan lele, tidak hanya memenuhi kebutuhan konsumsi harian di asrama, tetapi juga dijual ke pasar umum. Pada tahun 2024, dilaporkan bahwa sebuah pesantren di Jawa Timur berhasil mengekspor produk herbal olahannya ke Malaysia. Kesuksesan ekspor ini berawal dari inisiatif kelompok santri kewirausahaan yang dibina sejak Mei 2022.

Pentingnya Ekonomi Pesantren jauh melampaui profit. Tujuan utamanya adalah pendidikan karakter. Melalui keterlibatan langsung dalam manajemen Kopontren dan UMKM, santri belajar etika bisnis Islami, kejujuran, dan tawadhu dalam mencari rezeki. Mereka juga menyadari nilai kerja keras dan menghindari ketergantungan finansial pada pihak luar. Sinergi antara pendidikan akhlak dan pelatihan bisnis praktis ini menciptakan Lulusan Pesantren yang sholeh dalam ibadah dan solih (berdaya guna) dalam bermuamalah (bisnis).