Pondok pesantren, meskipun berakar kuat pada ajaran Islam, memiliki kontribusi penting dalam mempromosikan harmoni beragama, menjadikannya pusat penyebaran agama toleran di Indonesia. Di tengah keragaman keyakinan, pesantren seringkali menjadi garda terdepan dalam mengajarkan nilai-nilai moderasi Islam (wasathiyah) dan saling menghormati antarumat beragama. Hal ini membuktikan bahwa pendidikan Islam tradisional dapat sejalan dengan semangat toleransi dan keberagaman.

Salah satu cara utama kontribusi pesantren sebagai pusat penyebaran agama toleran adalah melalui pengajaran fikih muamalah dan akhlak yang menekankan pentingnya berinteraksi baik dengan non-Muslim. Santri diajarkan tentang konsep persaudaraan sesama manusia (ukhuwah insaniyah) dan bagaimana hidup berdampingan secara damai dalam masyarakat majemuk. Banyak kiai pesantren yang secara terbuka menyerukan pentingnya toleransi dan menolak radikalisme. Mereka seringkali menjadi contoh nyata dalam membangun dialog dan jembatan dengan komunitas agama lain. Misalnya, Pesantren Annuqayah di Madura, Jawa Timur, memiliki sejarah panjang dalam menjalin hubungan baik dengan komunitas non-Muslim di sekitarnya, menunjukkan bahwa ajaran Islam yang dipahami dari pesantren mendukung harmoni beragama.

Selain itu, kontribusi pesantren sebagai pusat penyebaran agama toleran juga terlihat dari peran aktif alumni dalam gerakan perdamaian dan dialog antaragama. Banyak lulusan pesantren yang menjadi aktivis sosial, cendekiawan, atau bahkan politisi yang terus menyuarakan pentingnya kerukunan. Mereka membawa pemahaman mendalam tentang Islam yang moderat ke berbagai forum, baik nasional maupun internasional. Sebuah laporan dari Jaringan Gusdurian, sebuah organisasi yang bergerak dalam dialog antaragama, pada Juni 2024, mencatat bahwa banyak pesantren yang menjadi mitra aktif dalam program-program mereka, menunjukkan komitmen terhadap harmoni beragama. Dengan demikian, pesantren bukan hanya menyebarkan ajaran Islam, tetapi juga secara konsisten menyebarkan agama toleran, menjadi agen penting dalam menjaga kerukunan dan harmoni beragama di tengah masyarakat Indonesia yang pluralistik.